En 1949, el club cambió de nombre y pasó a llamarse Burgos Club de Fútbol, denominación inicial de un proyecto que estaba a punto de cumplir 30 años. En la temporada 1946/47, jugó cedido por el Valencia CF en la Gimnástica de Burgos uno de los mejores futbolistas españoles, Bernardino Pérez Elizarán «Pasieguito», equipacion de argentina 2022 que incluso llegó a ser internacional con la selección absoluta de fútbol de España. Finalizando la temporada accede a la presidencia Pedro Alfaro Arregui.
