Sus mayores logros deportivos los obtuvo en los años 1977, 2000 y 2003 cuando se consagró campeón de la Copa Intercontinental al derrotar a los representantes de la Copa de Campeones de Europa: Borussia Mönchengladbach de Alemania, Real Madrid de España y Milan de Italia respectivamente. Asimismo, es el máximo campeón de la Copa Intercontinental (3) a nivel mundial, junto con Peñarol, Nacional, Milan y Real Madrid. La sensación del jugador de que la directiva del F. C. Barcelona no lo había defendido en forma suficiente ante la Real Federación Española de Fútbol, aumentó el distanciamiento entre Maradona y el presidente Núñez, que anteriormente lo había criticado por considerar que no cuidaba lo suficiente su vida privada, ya que las salidas nocturnas empezaron a ser constantes en su vida. Después de la Copa del Mundo, Bilardo renunció, asumiendo que su época había terminado, al igual que su capitán Maradona, que había anunciado poco después de la caída ante Alemania que el Mundial de 1990 había sido su último torneo con la selección.
Entre sus principales jugadores históricos se encuentran Diego Armando Maradona, Juan Román Riquelme, Roberto Cherro, Martín Palermo, Hugo Orlando Gatti, Ángel Clemente Rojas, Mario Boyé, Miguel Ángel Brindisi, Silvio Marzolini, Alberto Tarantini, Guillermo Barros Schelotto, Sebastián Battaglia, Carlos Tévez, entre otros. Entre sus principales directores técnicos se encuentran Alfio Basile, Juan Carlos Lorenzo, Carlos Bianchi, Carlos Salvador Bilardo, Alfredo Di Stéfano, Ernesto Lazzatti, Mario Fortunato, Alfredo Garasini, Óscar Washington Tabárez, Miguel Ángel Russo, Julio César Falcioni, entre otros. Al mismo tiempo, fue el segundo club argentino (por detrás de Racing) en alzarse con cuatro títulos oficiales en un solo año, al proclamarse campeón de la Primera División de Argentina, de la Copa Dr. Carlos Ibarguren, de la Copa de Competencia Jockey Club y de la Cup Tie Competition, todo en el año 1919 (precisamente, estos fueron los primeros cuatro campeonatos obtenidos en la historia del club). Consistía de una serie de dos partidos (ida y vuelta) contra un equipo de segunda división. Argentina disputó el encuentro de ida con los socceroos el 31 de octubre de 1993, que terminó 1-1 (con goles de Abel Balbo y Aurelio Vidmar).
Copas Intercontinentales que el club ha ganado hasta el momento. A nivel internacional, es el tercer club con más títulos oficiales en el mundo (22), entre los cuales posee 18 a nivel confederativo e interconfederativo (FIFA y Conmebol) y 4 copas rioplatenses (AFA-AUF); y es el club con más títulos internacionales oficiales en toda América. Gracias a estas conquistas integra el grupo selecto de los únicos 30 equipos en el mundo que han ganado el máximo campeonato de clubes de fútbol a nivel mundial, entre más de 300 000 clubes reconocidos por FIFA. La historia del Club Atlético Boca Juniors transcurre desde 1905 siendo el fútbol desde los comienzos la esencia del club y, aunque posteriormente el crecimiento de la institución promovió el desarrollo de otras actividades como las bochas o el básquet, aquel permaneció como la disciplina deportiva sobre la cual se sustenta la entidad y la que le valió su reconocimiento a nivel nacional e internacional. Fue designado por la FIFA como el doceavo Mejor Club del Siglo, en diciembre del 2000, ocupando la misma plaza que el Liverpool de Inglaterra, Inter de Italia o Benfica de Portugal, Asimismo, fue elegido «el club más legendario en la historia de América» según la prestigiosa revista alemana Kicker, que lo ubicó en la octava posición a nivel mundial, siendo la única institución del continente dentro de la lista de los diez mejores.
Sin embargo, al año siguiente jugaron un partido contra Nottingham de Almagro, que utilizaba una tan similar que en ese encuentro se puso en juego la continuidad de la camiseta. Sin embargo, el Atlético perdió en la tercera jornada ante el Barcelona por 1-2 y volvió a caer en la sexta fecha ante el Villarreal. El primero se estrenó en 1922 y se utilizó hasta 1955. Era de fondo blanco con las iniciales «CABJ» (Club Atlético Boca Juniors) en amarillo y una franja horizontal amarilla en el medio que cambiaba los colores de las letras de amarillo a azul. Esta remera tiene más ofertas que la de la final y se espera que se subaste entre los tres mil y los cinco mil dólares. La empresa auspiciante Petrobras tenía un contrato con el equipo de 2,5 millones de dólares por año, el cual vencía en el mes de julio del año 2012. Finalmente, no se renovaría y el club terminaría arreglando con BBVA Francés. Además, es considerado por la revista inglesa FourFourTwo como «el club de fútbol más emblemático del mundo». En marzo de 2021, el escudo de Boca Juniors fue distinguido por la prestigiosa revista inglesa FourFourTwo como «el mejor de Argentina y de Sudamérica», alcanzando asimismo el puesto número 18 a nivel mundial.