Bajo el nuevo nombre, en la temporada 41-42 llegó a ser un fracaso absoluto por el descenso a Segunda División estanto toda la temporada fuera del farolillo rojo y al final quedar a 7 puntos de diferencia con el equipo que estaba fuera, el CF Barcelona. Con Eladio Pérez, como presidente, y el alcalde Manuel Montesinos Gómiz, como vicepresidente, el Hércules se posicionó en la novena posición al finalizar la temporada 40-41. El colofón de la temporada fue la inclusión del arquero José Pérez García en la selección española para el partido Portugal-España, siendo el primer jugador internacional que poseyó el Hércules.
